复旦大学附属儿科医院整形外科是全国儿童医院中较早开展小儿整形外科专科工作的单位之一。目前专科医师共4名，学科带头人为董晨彬副主任医师，中华医学会整形外科分会小儿整形外科学组委员、中华医学会整形外科分会唇腭裂学组委员、中华医学会整形外科分会数字学学组委员、中国康复医学会修复重建外科专业委员会第二届颅颌面外科学组青年委员、“微笑明天”公益慈善组织专家志愿者。整形外科经过10年的潜心发展，目前已经建成一支医教研综合发展的临床专科。
　　整形外科的特色诊疗项目为先天性颅颌面畸形的诊治，包括了：
1. 唇腭裂的序列治疗：综合运用Millard、Fisher、鬼塚、尹宁北教授“肌肉张力带”理论等方法进行唇裂的修复，运用Sommerlad、Furlow等方法进行腭裂的修复。并结合儿童的特点，进行“免拆线”缝合，微型唇裂的口内切口、术后抗瘢痕治疗等，更利于患儿的术后护理，减少孩子的不适，优化手术效果。
2. 颅缝早闭的诊疗：开展了综合征型颅缝早闭的综合治疗，包括后颅牵张成骨扩大、额眶带的前移、全头颅的塑形、面中部的牵引等；以及单纯性颅缝早闭的牵引器治疗，减少孩子的手术创伤。
3. 耳廓畸形的诊疗：针对耳廓形态畸形开展了无创非手术矫正，小耳畸形的分期耳再造术，隐耳、招风耳、杯状耳、耳垂裂等的手术整形。
4. 小下颌（Pierre-Robin）的诊疗：开展了下颌骨截骨牵张成骨，下颌骨非截骨钢丝牵引，小下颌呼吸功能的综合评价，包括PSG（睡眠呼吸监测）、咽腔容积的测算等。
5. 半面短小的诊疗：开展了自体脂肪移植、下颌骨口内切口的牵张成骨等技术。
6. 其他：眶距增宽症的手术矫正、面裂的手术整形等。
　　此外，整形外科开展了体表肿物的精细免拆线缝合，极大地减轻了瘢痕的增生；各类皮瓣修复创面、瘢痕，多并指的形态功能修复、扩张器的应用等等。